북대서양을 항해하던 무역선이 정체 불명의 바다괴물에게 공격당했다!
 
휘트모어와 그의 아틀란티스 탐험대는 이 사고가 아틀란티스의 입구를 지키는 레비아탄의 소행일 것이라 추측하고 다시 아틀란티스를 찾는다. 제국의 재건을 돕기 위해 아틀란티스에 남았던 마일로는 사건의 정황을 듣고는 곧 심각한 걱정에 빠진다. 마일로와 키다는 함께 지상으로 나가 사태를 정확히 파악하고자 한다. 바다 괴물이 마일로 일행을 공격해온다. 운좋게 목숨을 구하지만, 파도에 떠밀려 안개 자욱한 섬에 이르게 된다.
이 곳에서는 무슨 일이 일어나게 될까.